Ločeno računovodstvo in prepoved subvencioniranja izvajalca univerzalne storitve urejata 36. člen ZPSto-2 ter Splošni akt o ločenih računovodskih evidencah in prepovedi subvencioniranja, ki ga je na podlagi zakona izdala agencija.
Zaradi zahtev določb ZPSto-2 glede cen univerzalne storitve, ki morajo biti stroškovno naravnane, učinkovite, nediskriminatorne itd. morajo izvajalci univerzalne storitve voditi ločene računovodske evidence, ki jasno ločijo storitve, ki so del univerzalne storitve in tiste storitve, ki to niso. Pri tem je treba dosledno upoštevati načela stroškovnega računovodstva.
Sistem ločenega računovodstva mora biti skladen z določbami ZPSto-2. Skladnost preverja agencija v sodelovanju z neodvisno organizacijo, kot je npr. revizor. Agencija občasno objavlja poročila o skladnosti.
Agencija je prvič preverila in potrdila skladnost modela ločenega računovodstva Pošte Slovenije d.o.o. z zakonodajo leta 2007. Zaradi zakonskih sprememb in ugotovljenih nepravilnosti je v letu 2012 izvedla obsežen postopek nadzora nad evidencami ločenega računovodstva (35. in 36. člen ZPSto-2) ter izdala ustrezno odločbo.
Pošta Slovenije d.o.o. pripravlja povsem nov model ločenega računovodstva, zato agencija načrtuje ponovni pregled skladnosti v letih 2013/2014.
Prepoved subvencioniranja
Eden pomembnih elementov, ki jih mora zagotoviti sistem ločenega računovodstva izvajalca univerzalne storitve, je tudi nadzor nad morebitnim subvencioniranjem preostalih poštnih in drugih storitev s storitvami, ki spadajo v nabor univerzalne storitve.
Neto stroški
Neto strošek obveznosti univerzalne storitve je vsak strošek, ki je nujen za izvajanje univerzalne storitve in je s to storitvijo povezan. Izračuna se kot razlika med neto stroški imenovanega izvajalca univerzalne storitve, ki posluje z obveznostmi univerzalne storitve, in neto stroški istega izvajalca, ki bi jih imel, če bi posloval brez obveznosti univerzalne storitve.
Če obveznost izvajanja univerzalne storitve povzroča neto stroške in pomeni nepravično finančno breme za izvajalca univerzalne storitve, je izvajalec upravičen do nadomestila za izvajanje univerzalne storitve iz kompenzacijskega sklada. Agencija na podlagi izračuna neto stroškov obveznosti univerzalne storitve ugotovi, ali ti res pomenijo nepravično finančno breme.
Kompenzacijski sklad
Izvajalcu univerzalne storitve se na podlagi njegove zahteve in pod pogoji, ki so navedeni v 19. členu ZPSto-2 izplačuje nadomestilo za izvajanje univerzalne storitve iz kompenzacijskega sklada, ki ga ustanovi in upravlja agencija.
Kompenzacijski sklad ustanovi agencija tako, da odpre poseben bančni račun in zanj vodi ločeno računovodsko evidenco. V kompenzacijski sklad morajo prispevati vsi izvajalci univerzalne storitve in izvajalci zamenljivih storitev, ki morajo v ta namen zagotoviti ustrezno ločeno računovodstvo.
Agencija je način financiranja neto stroškov podrobneje uredila v Splošnem aktu o računovodskih informacijah in izračunu neto stroška obveznosti univerzalne poštne storitve.